La carrière de Kent Nagano a débuté à Boston : il a travaillé à l’Opéra et fut l’assistant du chef d’orchestre Seiji Ozawa au Boston Symphony Orchestra. À la demande du compositeur, il a joué un rôle clé lors de la première mondiale de l’opéra Saint François d’Assise d’Olivier Messiaen. Ses succès en Amérique ont eu de nombreux retentissements en Europe. Ainsi, il a été directeur musical de l’Opéra National de Lyon de 1988 à 1998, directeur musical du Hallé Orchestra de 1991 à 2000 et premier chef invité associé du London Symphony Orchestra. Durant ces mêmes années, il a dirigé les premières mondiales de l’opéra A White House Cantata de Bernstein et des opéras de Peter Eötvös (Three Sisters), de John Adams (The Death of Klinghoffer et El Niño) et de Saariaho (L’Amour de loin), au Festival de Salzbourg.

La nomination de Kent Nagano en tant que directeur artistique et premier chef du Deutsches Symphonie-Orchester Berlin, en 2000, fut une étape importante de sa carrière. Il a dirigé cet orchestre dans Moses und Aron de Schoenberg (en collaboration avec le Los Angeles Opera), et il a accompagné cet orchestre au Festival de Salzbourg pour l’interprétation de Der König Kandaules de Zemlinsky et Die Gezeichneten de Schreker, ainsi qu’au Festpielhaus de Baden-Baden pour l’interprétation de Parsifal (2004) et de Lohengrin (2006). Parsifal, Die Gezeichneten et Lohengrin ont été enregistrés sur DVD. Ses plus récents enregistrements avec le Deutsches Symphonie-Orchester Berlin sous étiquette Harmonia Mundi comptent des œuvres aussi diversifiées que la Messe de Bernstein, les Symphonies n°3 et n°6 de Bruckner, Christus am Ölberge de Beethoven, Lieder de Wolf, la Symphonie n°8 de Mahler et Die Jakobsleiter de Schoenberg. En juin 2006, à la fin de son contrat avec l’orchestre, des membres du Deutsches Symphonie-Orchester Berlin lui ont décerné le titre de « Chef émérite ». M. Nagano n’est que le deuxième récipiendaire d’un tel honneur en soixante années d’existence de l’Orchestre. Durant la saison 2006-2007, il sera également le premier chef invité de cet orchestre.

En 2003, Kent Nagano est devenu le premier directeur musical du Los Angeles Opera ayant déjà occupé le poste de premier chef pendant deux ans. Le répertoire présenté allait d’une série d’opéras de Mozart, Idoménée, Don Juan et Les Noces de Figaro, à Der Rosenkavalier et Die Frau ohne Schatten de Strauss, Madame Butterfly et Tosca de Puccini, et Lohengrin et Parsifal de Wagner. Au cours des dernières saisons, M. Nagano a également dirigé Le Nez de Dmitri Chostakovitch et Turandot de Puccini au Deutsche Staatsoper Berlin, Le Coq d’or de Nikolaï Rimski-Korsakov au Châtelet à Paris, Billy Budd de Benjamin Britten à l’Opéra d’État bavarois de Munich et Cardillac de Paul Hindemith à l’Opéra National de Paris, entre autres. Très prisé en tant que chef invité, Kent Nagano a dirigé presque tous les grands orchestres, notamment les orchestres philharmoniques de Vienne, de Berlin et de New York et le Chicago Symphony Orchestra.

Il a enregistré sous étiquettes Erato, Teldec, Pentatone et Deutsche Grammophon, ainsi que sous étiquette Harmonia Mundi, remportant des prix Grammy pour ses enregistrements du Doktor Faust de Busoni (avec l’Opéra National de Lyon) et de Pierre et le loup de Prokofiev (avec l’Orchestre national russe). Sophia Loren était la narratrice de Pierre et le loup et une nouvelle œuvre de Jean-Pascal Beintus, Wolf Tracks, figure sur ce même disque et était narrée par Bill Clinton et présentée par Mikhaïl Gorbatchev.